As duas equipas vão defrontar-se em Middlesbrough este sábado, estando a segunda mão marcada para St. Mary's, na terça-feira.
"O Southampton Football Club foi hoje acusado de violar os Regulamentos da EFL, sendo o caso remetido para uma Comissão Disciplinar Independente", referiu a EFL em comunicado.
"Isto surge após um pedido da EFL para que o clube apresentasse as suas observações, na sequência de uma queixa do Middlesbrough relativa a uma alegada gravação não autorizada em propriedade privada antes do encontro entre os dois clubes (no sábado)", acrescentou a nota oficial.
A EFL recordou os regulamentos que proíbem os clubes de "observar, ou tentar observar, o treino de outro clube nas 72 horas que antecedem um jogo agendado entre ambos".
A Liga indicou que o Southampton teria normalmente 14 dias para responder, mas neste caso vai pedir à Comissão Disciplinar Independente que agende uma audiência o mais rapidamente possível.
Não houve qualquer comentário imediato de nenhum dos clubes.
O Hull City e o Millwall disputaram a outra primeira mão da meia-final esta sexta-feira, que terminou sem golos. A segunda mão será jogada em Londres, na segunda-feira.
O Millwall terminou a época em 3.º lugar, o Southampton em 4.º, o Middlesbrough em 5.º e o Hull em 6.º.
O campeão Coventry City e o vice-campeão Ipswich Town garantiram a promoção automática à Premier League.