Zwayer fue sancionado con seis meses de suspensión en 2005 por su implicación en un escándalo de amaño de partidos.
El propio Zwayer, de 43 años, recibió la sanción de la DFB, la Federación Alemana de Fútbol, después de haber trabajado como asistente de Robert Hoyzer, quien fue condenado por aceptar sobornos para manipular varios partidos de la 2. Bundesliga que él mismo dirigió.
Supuestamente, Zwayer aceptó un soborno de 300 euros antes de un partido del Wuppertaler SV, aunque más tarde intentó redimirse informando a la Federación Alemana sobre el amaño de partidos de Hoyzer, con el respaldo de otros tres árbitros.
No fue hasta que el medio alemán Die Zeit publicó "El expediente Zwayer" en 2014 cuando el público alemán se enteró de la sanción a Zwayer. Por su parte, Hoyzer fue inhabilitado de por vida.
El regreso de Zwayer a la actividad en la 2021 provocó que Jude Bellingham criticara que se le permitiera arbitrar partidos de la Bundesliga y su actuación en el duelo entre Borussia Dortmund y Bayern de Múnich en diciembre de ese año, afirmando: "Le das a un árbitro que ya ha amañado partidos el partido más importante de Alemania, ¿qué esperas?".
Han pasado solo cinco días desde que Zwayer dirigió otro encuentro crucial en suelo danés, cuando el FC Midtjylland se enfrentó al Nottingham Forest en la Europa League.